Учреждение основано 6 октября 1901 года (в селе Кирилловка открылась трехлетняя школа первой ступени). В 1949 году Кирилловская школа переименована в Наушкинскую железнодорожную начальную школу №93. В 1950 году школа преобразована в Наушкинскую семилетнюю школу. 13 июня 1957 года школа получила статус средней школы. На основании Постановления Кяхтинской районной администрации №167 от 13 мая 1996 года Наушкинская средняя школа была переименована в Муниципальное общеобразовательное учреждение «Наушкинская средняя общеобразовательная школа».
19 декабря 2011 года Постановлением МО «Кяхтинский район» №440 МОУ «Наушкинская СОШ» была переименована в Муниципальное бюджетное образовательное учреждение «Наушкинская средняя общеобразовательная школа».
Муниципальное бюджетное образовательное учреждение «Наушкинская средняя общеобразовательная школа» переименовано в Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Наушкинская средняя общеобразовательная школа», на основании Постановления МО «Кяхтинский район» № 158 от 20 апреля 2015 года.